根据发酵过程中泡沫的增减规律，控制PMI泡沫的方法有两种：一种是减少泡沫形成的机会，通过调整培养基的成分，如少加或缓慢增加成分容易起泡的培养基，通过改变某些培养条件，如pH、温度、通气速度、搅拌速度，或改变发酵过程来控制。

机械消泡的优点是不需要在发酵液中引入异物，节省原料，减少污染机会，不增加下游提取工序的负担。但是，PMI泡沫的效果往往不如消泡剂那么快和可靠。它需要一定的设备并消耗一定的功率。它最大的缺点是不能从根本上消除泡沫的形成，所以常被用作消泡的辅助方法。

机械消泡是一种物理消泡方法，借助强烈的机械振动或压力变化来打破和消除气泡。消泡装置可安装在罐内或罐外。可在罐内搅拌轴上方安装消泡桨，利用旋风离心场的作用将泡沫粉碎。也可在消泡转子中加入少量消泡剂以增强消泡效果。罐外的方法是将泡沫吸出罐外，通过喷嘴的加速或离心力使泡沫破裂后，液体返回发酵罐。